Altération de la réponse vaccinale contre la COVID-19 dans l'infection à VIH avancée

Introduction Les personnes vivant avec le VIH(PVVIH) ne sont pas considérées comme étant à risque de forme grave de Covid-19 toutefois leur réponse vaccinale notamment chez les patients avec taux de CD4 bas reste mal évaluée et les recommandations vaccinale chez ces patients restent les mêmes que celles de la population générale. L'objectif de cette étude était d'évaluer la réponse vaccinale chez les PVVIH et de juger de la nécessité de réalisation d'une dose supplémentaire de vaccin selon leur taux de CD4. Matériels et méthodes Il s'agit d'une étude monocentrique rétrospective. Nous avons recueilli des sérologies post-vaccination contre le SARS-COV-2 pour les PVVIH ayant terminé un schéma vaccinal avec deux doses réalisées entre le 5 mars 2021 et 17 septembre 2021. La sérologie post-vaccinale a été réalisée entre 8 et 150 jours après la seconde dose de vaccin. Ont été exclus : mineurs, greffés, PVVIH recevant une chimiothérapie ou un agent immunosuppresseur autre, PVVIH sans taux de CD4 récent, PVVIH avec antécédent d'infection par le SARS-COV-2. Les anticorps anti-Spike ont été quantifiés dans des échantillons de sérum et de plasma à l'aide du kit Architect SARS-COV-2 IgG Quant II (Abbott, North Chicago, Illinois, USA) avec une plateforme automatisée i1000SR. Facteur de normalisation BAU 0,142 : seuil de positivité 50 UA/ml = 7,1 BAU/ml ; seuil de 260 BAU/mL = 1831 UA/ml. Des comparaisons statistiques par Kruskall – Wallis, Mann – Whitney et des tests du chi-2 ont été effectués à l'aide du logiciel GraphPad6. Le seuil de significativité retenu était p = 0.05. Un comité local d'éthique a approuvé la réalisation de cette étude. Résultats Nous avons collecté les données de 105 PVVIH que nous avons divisées en trois groupes en fonction de leur taux de CD4 : CD4<200/µl (n=18), 200< CD4<500/µL (n=36) et CD4 > 500/µL (n=51). L'âge médian des patients était de 54 ans (intervalle interquartile IQR [46–60]) et 35,2 % étaient des femmes. Les patients avaient reçu deux doses de BNT162b2(75 %), mRNA-1273(8,5 %) ou ChAdOx1 nCoV-19 (16.5 %). Au moins un facteur de risque de développer une forme sévère de pneumopathie à SARS-COV-2(hypertension artérielle, diabète, IMC > 30 kg/m2 ou maladie respiratoire chronique) étaient présents chez 45,7 % des patients. 96 patients (91 %) recevaient un traitement anti-rétroviral au moment de leur vaccination. Le délai entre la seconde dose de vaccin et la réalisation de la sérologie ne différait pas significativement entre les trois groupes (p=0,14) : 51,5 jours [14.25–76] dans le groupe CD4<200/µL, 77,5 jours [32.5–97] dans le groupe 200< CD4<500/µL et 79 jours [30–103] dans le groupe CD4 > 500/ µL. Dans le groupe CD4 > 500/µL, le titre médian d'anticorps post-vaccinaux anti-SARS-COV2 était de 623,8 BAU/mL [262.2–2288] et de 334,3 BAU/mL [69.9–933.9] (p=0,003) dans le groupe CD4<500/µL. En comparant les trois groupes, le taux d'anticorps était significativement plus élevé dans le groupe CD4 > 500/µL par rapport au groupe 200< CD4<500/µL (396.5 BAU/ml [105.8–1174], p= 0,046) ; le taux d'anticorps était encore plus bas dans le groupe CD4<200/µL (247.9 BAU/ml [5.88–434.9], p=0.0017). Le taux d'anticorps protecteur établi par la HAS (260 BAU/mL) était atteint chez 44,4 % des patients avec CD4<200/µL et chez 55,6 % des patients avec 200< CD4<500/µL contre 76,5 % des patients avec CD4 > 500/µL (p= 0,01 et p=0,04 respectivement). Toutes les PVVIH avec CD4 > 500/µL avaient une sérologie post-vaccinale positive (seuil de positivité de 7,1 BAU/mL) alors que 6 des 54 patients avec CD4<500/µL (11 %, p<0,001) avaient une sérologie négative : 4 étaient dans le groupe CD4<200/µL, 2 dans le groupe 200< CD4<500/µL ; 5/6 avaient reçu le vaccin BNT162b2. Conclusion En conclusion, nous avons observé de faibles taux d'anticorps après deux doses de vaccins contre le COVID-19 chez les PVVIH avec un taux de CD4<500/µl. Les taux d'anticorps étaient les plus faibles dans le groupe de patients avec CD4<200/µL. Ces résultats devraient inciter à une attention particulière au sein de cette population qui n'est pas considérée comme « à risque » dans les politiques de santé actuelles et qui devrait donc bénéficier de stratégies vaccinales intensives impliquant une sérologie post-vaccinale et/ou un accès accéléré à des doses de vaccin supplémentaires. Une seconde partie d'étude pour analyser la réponse après une 3ème dose des patients n'ayant pas un taux d'anticorps protecteurs après deux doses est en cours, les résultats devraient être disponibles dans les mois à venir. Aucun lien d'intérêt

Transmission de la COVID-19 aux agents de santé : où est le risque ?

Introduction La contamination des personnels soignants par le SARS-CoV-2 est une préoccupation majeure de la pandémie de COVID-19. Les principales voies de contamination sont l’inhalation de gouttelettes ou la transmission à la suite d’un contact avec des surfaces contaminées. Bien que la transmission par gouttelettes semble prédominer au niveau communautaire, l’exposition des personnels soignants dans les établissements de soins reste mal connue. Notre étude visait à évaluer les différents risques de transmission pour le personnel hospitalier prenant en charge des patients atteints d’une forme aiguë de COVID-19. Matériels et méthodes Cette étude observationnelle prospective a inclus des patients atteints par le SARS-CoV-2 et hospitalisés dans les 14 jours suivant l’apparition des symptômes. Plusieurs écouvillons ont été prélevés dans leur environnement : rebord de fenêtre, poignée de porte, ligne de perfusion, barrières de lit, dessus de table amovible, téléphone du patient, masque à oxygène ou canule nasale. Les masques portés par les agents de santé auprès des patients, soit pendant une procédure spécifique médicale ou paramédicale soit portés en continu à l’intérieur du service ont été collectés. Les masques ont été trempés dans un milieu de transport viral. La recherche de SARS-CoV-2 a été effectuée par RT-qPCR. Résultats Des écouvillons de surface ont été prélevés pour 43 patients (durée moyenne des symptômes : 8 jours). L’ARN du SARS-CoV-2 a été détecté sur toutes sortes de surfaces : barrières de lit (40%), masque à oxygène ou canule nasale (29 %), poignée de porte (28 %), dessus de table (24 %), bouton de réglage de perfusion ou pousse-seringue (10 %). Le téléphone du patient était positif dans 36 % des cas. Le rebord de la fenêtre, qui n’était pas inclus dans les procédures de bio-nettoyage, avait le taux de positivité le plus élevé : 41 %. Au total, 40 masques ont été portés par les personnels soignants après un seul geste de soin (utilisation moyenne de 8 minutes) et 40 masques portés en continu (utilisation moyenne de 211 minutes). Tous les 80 masques ont été testés négatifs pour l’ARN du SARS-COV-2, alors qu’un masque témoin porté par un patient infecté était positif. Conclusion Aucun masque de personnel soignant n’a été contaminé, même après des soins avec un risque élevé de transmission chez des patients hautement contaminants. Les surfaces les plus fréquemment touchées par les patients et les moins bio-nettoyées étaient les plus contaminées. Le principal risque de transmission à l’hôpital semble être le risque de contact. Bien que les masques semblent être correctement portés, les personnels soignants sous-estiment le risque de transmission contact, bien que majeur. Une attention particulière doit donc être portée au lavage des mains et au bio-nettoyage des surfaces.

Recommendations for accurate genotyping of SARS-CoV-2 using amplicon-based sequencing of clinical samples

OBJECTIVES: Genotyping of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has been instrumental in monitoring viral evolution and transmission during the pandemic. The quality of the sequence data obtained from these genotyping efforts depends on several factors, including the quantity/integrity of the input material, the technology, and laboratory-specific implementation. The current lack of guidelines for SARS-CoV-2 genotyping leads to inclusion of error-containing genome sequences in genomic epidemiology studies. We aimed to establish clear and broadly applicable recommendations for reliable virus genotyping. METHODS: We established and used a sequencing data analysis workflow that reliably identifies and removes technical artefacts;such artefacts can result in miscalls when using alternative pipelines to process clinical samples and synthetic viral genomes with an amplicon-based genotyping approach. We evaluated the impact of experimental factors, including viral load and sequencing depth, on correct sequence determination. RESULTS: We found that at least 1000 viral genomes are necessary to confidently detect variants in the SARS-CoV-2 genome at frequencies of >=10%. The broad applicability of our recommendations was validated in over 200 clinical samples from six independent laboratories. The genotypes we determined for clinical isolates with sufficient quality cluster by sampling location and period. Our analysis also supports the rise in frequencies of 20A.EU1 and 20A.EU2, two recently reported European strains whose dissemination was facilitated by travel during the summer of 2020. CONCLUSIONS: We present much-needed recommendations for the reliable determination of SARS-CoV-2 genome sequences and demonstrate their broad applicability in a large cohort of clinical samples.